أقام السلطان محمد بن قلاوون الصالحي عام 678هـ قبة فوق الحجرة الشريفة وكانت مربعة في أسفلها مثمنة في أعلاها وصفحت بألواح من الرصاص.
وفي عام 881هـ جدد هذه القبة الناصر حسن بن محمد بن قلاوون.
وفي عام 886هـ تأثرت القبة من جراء الحريق الثاني الذي وقع في المسجد.
وفي عام 887هـ في عهد السلطان قايتباي، جدد بناء القبة ووضعت لها دعائم قوية في أرض المسجد، وبنيت بالآجر، كما جعلت للمقصورة الشريفة نوافذ من النحاس من جهة القبلة في أعلاها شبك من النحاس أيضاً أما في الجهات الشمالية والشرقية والغربية فقد جعلت للمقصورة نوافذ من الحديد في أعلاها أشرطة من النحاس وفيها 76 (طاقة).
وفي عام 892هـ أعيد بناء القبة مرة أخرى بالجبس الأبيض بعد أن تشقق أعلاها، وكان ذلك في عهد السلطان قايتباي أيضاً.
وفي عام 1233هـ في عهد السلطان محمود بن عبد الحميد أعيد بناء القبة لآخر مرة، حيث تشققت القبة في عهده، فأمر بهدم أعلاها وإعادة بنائه من جديد، حيث لا تزال قائمة إلي اليوم.
وفي عام 1253هـ أمر السلطان عبد الحميدالعثماني بصبغ القبة باللون الأخضر فأصبحت القبة تعرف بعد ذلك (بالقبة الخضراء)، وكانت تسمى فيما سبق القبة الزرقاء أو القبة البيضاء أو القبة الفيحاء.
وتولي المملكة العربية السعودية منذ عهد المغفور له الملك عبدالعزيز آل سعود جل اهتماماتها بالحجرة الشريفة وبالقبة الخضراء، فحافظت على البناء العثماني للمسجد الشريف، وعملت على تدعيمه وترميمه كلما دعت الحاجة إلى ذلك،
كما تحرص على رعاية وطلاء القبة الخضراء كلما انكشف اللون نتيجة للعوامل الجوية، حتى كنا نرى ذلك التجديد يحدث سنوياً حتى يومنا الحاضر. فجزاهم الله أحسن الجزاء.