يتوفر في المسجد النبوي 13 مرفقاً لدورات المياه (حمامات ومواضي) وتقع في ساحات المساجد النبوي من جهاته الثلاثة الشمالية والجنوبية والغربية ، وخصص منها 9 مرافق للرجال و4 مرافق للنساء ، ويتكون المرفق من أربع طوابق تحت الأرض خصص الأول والثاني والرابع للحمامات والمواضي وخصص الطابق الثالث للخدمات الفنية ، ويتم النزول لجميع الطوابق عبر السلم العادي اضافة الى وجود سلم كهربائي للنزول للطابقين الثاني والرابع ، ويتوفر بالحمامات مراوش وعلاقات الملابس ، كما خصص في كل طابق حمامات لذوي الاحتياجات الخاصة (كرسي) ، وتنظف دورات المياه قبل كل صلاة وكلما دعت الحاجة ، وفيما يلي اسماء المرافق المؤدية الى دورات المياه :
المرافق الخاصة بالرجال المرافق الخاصة بالنساء
اسم المرفق الموقع بالنسبة للمسجد اسم المرفق الموقع بالنسبة للمسجد
مرفق رقم 1 جنوب شرق مرفق رقم 7 أ غرب
مرفق رقم 2 جنوب مرفق رقم 7 ب غرب
مرفق رقم 3 جنوب غرب مرفق رقم 11 أ شمال
مرفق رقم 4 جنوب غرب مرفق رقم11ب شمال
مرفق رقم 5 جنوب غرب
مرفق رقم 8 شمال غرب
مرفق رقم 9 شمال غرب
مرفق رقم 10 شمال